ファイル一覧でディレクトリが下の方に表示されていたりしたのでディレクトリが上に来るようにArrays.sortで並べ替えてみた。
Arrays.sort(this.children, (f1, f2) -> { if(f1.isDirectory() && !f2.isDirectory()){ return -1; }else if(!f1.isDirectory() && f2.isDirectory()){ return 1; }else{ return f1.getName().compareTo(f2.getName()); } });